ВАРИАНТ 1. Покупная цена товаров, проданных с НДС, известна

Когда покупная цена товаров одного наименования постоянна, например цена на Консультант Плюс, никаких сложностей нет. Стоимость приобретения таких товаров будет одинаковая. Поэтому рассчитать сумму вычета по НДС и подобрать счет-фактуру несложно.
Аналогичная ситуация при расчете вычета НДС будет, если вы ведете партионный учет товаров. Либо если все товары одного наименования, которые вы продали с НДС, были куплены у поставщика одной партией.

ВАРИАНТ 2. Покупная цена товаров, проданных с НДС, требует определения

Если же товары, проданные в рамках деятельности, облагаемой по общему режиму, поступали к вам несколькими партиями по разным ценам, то ситуация осложняется. Вычет входного НДС вы должны заявить по конкретному счету-фактуре. Выходит, вам надо определить, из какой именно партии вы продали товары. Конечно, можно выбрать счет-фактуру и случайным методом (как в лотерее). Но тогда проверяющие из налоговой могут вообще отказать вам в вычете НДС — на том основании, что у вас нет раздельного учетам. И, согласно, лицензионному консультант плюс по крайней мере они будут правы!
Как организовать раздельный учет товаров, проданных с НДС и без него, — решать вам. Не забудьте закрепить его методику в учетной политике. Главное — чтобы вы могли обосновать, почему вы предъявляете к вычету НДС по тому или иному счету-фактуре, подойдет любая стандартная электронная форма отчетности . Поскольку определить, к какой именно партии относится проданный товар, невозможно (если у вас нет партионного учета), остается использовать обычные методы определения стоимости товаров при списании.
Чтобы не создавать себе лишних сложностей, лучше, конечно, пользоваться данными бухгалтерского учета. Правда, для этого нужно, чтобы в бухучете товары списывались по методу ФИФО (первая партия на поступление — первая на продажу).
Современные бухгалтерские программы часто позволяют при применении этого метода определять не только стоимость приобретения товаров, но и их принадлежность к той или иной партии (с привязкой к конкретной поставке от конкретного поставщика). Таким образом, каждая единица товара оказывается привязанной к конкретному счету-фактуре.

Учтите, что если в бухучете вы списываете товары по средней себестоимости, то для целей раздельного учета по НДС вам придется вести параллельный учет продаж, в Консультанте вы найдете книгу учета продажа . Поскольку вычет НДС «по средней» на основе различных счетов-фактур в Налоговом кодексе просто-напросто не предусмотрен. И тогда вам надо будет в учетной политике для целей НДС определить, как будет рассчитываться покупная стоимость проданных товаров. Но и здесь придется остановиться на методе ФИФО — поскольку ЛИФО в бухучете нет.